Note: Front Cover -- Contents -- Preface -- Acknowledgments -- Contributors -- Chapter 1: Representing Two-Dimensional (2D) Chemical Structureswith Molecular Graphs -- Chapter 2: Algorithms to Store and Retrieve Two-Dimensional (2D) Chemical Structures -- 3 Three-Dimensional (3D) MolecularRepresentations -- Chapter 4: Molecular Descriptors -- 5 Ligand- andStructure-Based VirtualScreening -- Chapter 6: Predictive Quantitative Structure-Activity Relationships Modeling -- Chapter 7: Predictive Quantitative Structure-Activity Relationships Modeling -- Chapter 8: Structure Enumeration and Sampling -- Chapter 9: Computer-Aided Molecular Design -- Chapter 10: Computer-Aided Molecular Design -- Chapter 11: Reaction Network Generation -- Chapter 12: Open Source Chemoinformatics Software and DatabaseTechnologies -- Chapter 13: Sequence Alignment Algorithms -- Chapter 14: Machine Learning-Based Bioinformatics Algorithms -- Chapter 15: Using Systems Biology Techniques to Determine Metabolic Fluxes and Metabolite Pool Sizes -- Index -- Back Cover.

Note: Intro -- Chimie et biologie de synthèse -- Sommaire -- Avant-propos -- Préface -- Partie 1. Biologie de synthèse, un nouveau domaine en pleine expansion -- La saga de l'hydrocortisone -- 1 Chimie et biologie : micro-organismes et bioconversions -- 1.1. Les micro-organismes : des microchimistes -- 1.2. Les bioconversions industrielles -- 2 La synthèse industrielle de l'hydrocortisone : d'une synthèse majoritairement chimique à une bioconversion par la levure -- 2.1. La synthèse d'hydrocortisone par voie purement chimique : de 40 à 9 étapes -- 2.2. Un projet ambitieux : de 9 à 5 étapes en s'inspirant de la nature -- 2.3. Le choix de la levure comme micro-organisme opérationnel -- 2.4. Le problème de l'approvisionnement en substrat : le cholestérol -- 2.5. Schéma des étapes 1 et 5 de la biosynthèse effectuée dans les surrénales ou dans la levure -- 2.6. Expression dans la levure des protéines nécessaires pour la biosynthèse : étape 1 seule, puis enchaînement des étapes 1 et 2. De bonnes et de mauvaises surprises… -- 2.7. Réalisation et analyse des étapes intermédiaires (étapes 3 et 4) de la biosynthèse -- 2.8. L'étape de biosynthèse située dans les mitochondries (étape 5) -- 3 Passage à la biosynthèse industrielle -- La suite de la « saga » -- De la chimie de synthèse à la biologie -- 1 Qu'est-ce que la biologie de synthèse ? -- 1.1. Présentation -- 1.2. Exemples de circuits biologiques -- 1.3. Différentes approches -- 2 Développement des méthodes de biologie de synthèse -- 2.1. Développement historique -- 2.2. Le développement de la biologie de synthèse -- 3 Exemples d'applications de la biologie de synthèse -- 3.1. État de l'art des applications -- 3.2. Le diagnostic ultrasensible Versant® du sida et des hépatites -- 3.3. Écriture et édition de l'ADN -- 3.3. Le médicament Artémisinine -- Aspects sociétaux de la biologie de synthèse. , De la ­biologie de ­synthèse aux biomédicaments -- 1 Bioproduction d'un biomédicament et bioproduction d'un médicament chimique -- 2 Améliorer encore les anticorps -- 3 Doper des anticorps par la chimie -- De nouveaux horizons pour la biologie de synthèse -- Nanomédicaments pour le traitement du cancer et des maladies du système nerveux -- 1 Les nanotechnologies, des outils pour améliorer l'activité pharmacologique -- 2 L'encapsulation physique dans un polymère biodégradable -- 2.1. Maîtriser la vitesse de libération du principe actif -- 2.2. Principe de vectorisation d'un médicament -- 2.3. Application de l'encapsulation d'un principe actif pour le traitement de l'hépatocarcinome résistant -- 2.4. Application de l'encapsulation pour le traitement de la maladie d'Alzheimer -- 2.5. Le marquage des nanoparticules : un outil de suivi -- 2.6. Les limites de la vectorisation par l'encapsulation physique -- 3 L'encapsulation chimique par le squalène -- 3.1. De l'encapsulation physique à l'encapsulation chimique -- 3.2. L'encapsulation chimique par le squalène et ses applications -- 3.3. Comment les nanoparticules squalénées atteignent-elles les cellules tumorales ? -- 3.4. Application au traitement des maladies du système nerveux central -- 4 Les nanoMOFs : une nouvelle forme d'encapsulation -- Le futur de l'encapsulation -- Partie 2. Les applications actuelles de la biologie de synthèse -- Bioraffinerie et biologie de synthèse -- 1 Le BIOGIS Center : de la matière première aux bioproduits -- 2 La bioraffinerie -- La bioraffinerie des oléagineux -- 3 Ingénierie métabolique et biologie de synthèse -- 3.1. L'exemple de la production d'acides gras cyclopropaniques -- Choix du châssis : la levure Yarrowia lipolytica -- 3.2. Industrialisation de la production de CFA : extraction des produits d'intérêt. , Les défis de l'utilisation de la biologie de synthèse dans le bioraffinage -- Des carbohydrates aux hydrocarbures -- 1 Les biocarburants pour remplacer le pétrole de manière durable ? -- 1.1. Remplacer le pétrole traditionnel ? -- 1.2. Une urgence économique et environnementale -- 2 La voie de l'isobutène -- 2.1. Une molécule indispensable aujourd'hui dérivée du pétrole -- 2.2. Faire produire de l'isobutène par les bactéries ! -- 2.3. Avec quelles ressources ? -- 2.4. Le premier projet d'usine de production d'isobutène pour des applications diversifiées -- Les biocarburants : une solution à combiner avec l'électrique -- Le mariage ­réussi du ­plastique et des enzymes -- 1 Objectif : améliorer le cycle de vie des plastiques -- 2 Rendre les plastiques biodégradables -- 2.1. Une réglementation pour la biodégradabilité des plastiques -- 2.2. Une enzyme pour biodégrader le plastique ? -- 2.3. À la recherche de l'enzyme idéale -- 3 Recycler les plastiques -- Des procédés pour la vie quotidienne grâce à l'ingénierie enzymatique -- Biologie de synthèse : une nouvelle voie pour le traitement du cancer -- 1 La biologie de synthèse et la médecine -- 1.1. Le fléau du cancer -- 1.2. Vers la médecine personnalisée -- 2 Les recherches en cours pour une médecine personnalisée -- 2.1. Les biosenseurs pour mieux cibler le cancer -- 2.2. L'encapsulation des levures -- 2.3. L'immunothérapie -- 3 Le projet d'Inovactis dans la lutte contre le cancer -- 3.1. L'immunité cellulaire : les cellules dendritiques -- 3.2. Mécanisme d'action contre les cellules cancéreuses chez Inovactis -- 3.3. Une médecine personnalisée du cancer -- Entreprendre en biologie de synthèse -- Partie 3. Nouveaux outils pour l'ingénierie thérapeutique -- Étudier et combattre les bactéries pathogènes -- 1 Qu'est-ce que les CRISPR ? -- 1.1. Une histoire fascinante et peu connue. , 1.2. Comment fonctionnent les systèmes CRISPR dans la nature ? -- 1.3. Le système II.A : applications technologiques -- 2 Premières utilisations des CRISPR -- 2.1. Premier détournement de l'immunité adaptative par modification du génome de bactéries : screening et recodage -- 2.2. Développement d'antibiotiques intelligents -- 2.3. Des antibiotiques à la précision ultime utilisant la compétition bactérienne naturelle -- 3 Les autres applications des CRISPR -- 3.1. Moduler l'expression des gènes pour comprendre les réseaux génétiques -- 3.2. Bloquer l'expression de gènes et séquençage pour mieux comprendre les gènes -- Le début des infinies possibilités de Cas9 -- Les nouveaux revêtements antimicrobiens pour les dispositifs médicaux : des stratégies contre les maladies nosocomiales ? -- 1 La problématique des infections nosocomiales -- 1.1. Définitions et chiffres clés -- 1.2. Origines des infections nosocomiales -- 1.3. L'augmentation des infections nosocomiales -- 2 Infection et implants : l'exemple du pacemaker -- 2.1. Implantation puis rejet d'un pacemaker -- 2.2. Hausses des implantations et des infections -- 2.3. Des solutions d'implants -- 3 Implants et inflammation chronique -- 3.1. Inflammations chroniques -- 3.2. Rôle des monocytes dans le rejet des implants -- 4 Les revêtements d'implants -- 4.1. Propriétés des revêtements d'implants -- 4.2. Dépôt couche par couche de polymères chargés -- 4.3. Ajout de peptides pour conférer des propriétés antimicrobiennes aux surfaces -- 4.4. Efficacité du revêtement polyarginine, acide hyaluronique et catestatine -- 4.5. Optimisation de la composition du revêtement et mécanisme impliqué -- 5 Revêtement d'implants à base de polyarginine et d'acide hyaluronique : vers un produit commercialisable ? -- 5.1. Stérilisation du revêtement -- 5.2. Packaging et durée de vie -- 5.3. Autres validations. , 5.4. Les financements -- Le succès au bout de la chimie des polymères -- La rétrosynthèse en biologie : production de molécules bioactives et dispositifs pour le diagnostic -- 1 La rétrosynthèse en biologie : état de l'art -- 1.1. Quelques applications en biologie -- 1.2. La rétrosynthèse : un problème étudié depuis longtemps mais toujours d'actualité -- 1.3. État de l'art des méthodes de rétrosynthèse appliquées en biologie -- 2 Fonctionnement du processus de rétrosynthèse -- 2.1. Règles de réactions codant la spécificité/promiscuité enzymatique -- 2.2. Recherche de séquences enzymatiques par apprentissage automatique -- 2.3. Rétrosynthèse : le workflow -- 3 Exemples d'applications de ce dispositif de rétrosynthèse -- 3.1. Application à l'ingénierie métabolique -- 3.2. Application à l'ingénierie de biocapteurs -- 3.3. Application à la métabolomique -- La rétrosynthèse, aujourd'hui et demain -- Partie 4. Santé : médicaments -- Diagnostic médical à l'échelle nanométrique -- 1 La biologie nanométrique, pour des marqueurs moléculaires -- 1.1. L'accès à l'échelle nanométrique -- 1.2. Principe de fonctionnement d'un biosenseur -- 1.3. La photoluminescence et ses applications en analyse biologique -- 1.4. L'analyse des interactions biologiques : Transfert de Föster (FRET) -- 2 Application au diagnostic médical -- 2.1. La technologie TRACE : application à la détection de biomarqueurs -- 2.2. Immunodosages de FRET multiples : application au cancer du poumon -- 2.3. Détecteurs transmembranaires et nanoparticules -- 2.4. Améliorer l'analyse par photoluminescence par amplification des ADN ou ARN -- La photoluminescence est un outil très performant pour le diagnostic médical -- Des outils chimiques pour reprogrammer les cellules tumorales -- 1 Le ciblage chimique des cancers -- 2 De la génétique à l'épigénétique -- 2.1. L'épigénétique. , 2.2. Épigénétique et environnement.