In:
Methods in Ecology and Evolution, Wiley, Vol. 14, No. 2 ( 2023-02), p. 332-339
Abstract:
Os registros de espécies armazenados em coleções biológicas estão cada vez mais disponíveis ‘online’. Essa disponibilidade sem precedentes tem facilitado os estudos recentes em taxonomia, biogeografia, macroecologia e conservação da biodiversidade. As coleções biológicas possuem diferentes padrões de documentação e notação, que mudaram ao longo do tempo. Por motivos diferentes, nem as coleções, nem os repositórios de dados realizam a formatação e padronização desses dados, deixando essas tarefas para o usuário final dos registros (taxonomistas, ecólogos e conservacionistas). Essas tarefas são complexas, especialmente quando se lida com milhões de registros oriundos de centenas de coleções biológicas. Para ajudar os curadores das coleções e usuários finais nessas tarefas, nós apresentamos o plantR , um pacote de código aberto que fornece várias ferramentas para gerenciar registros de espécies contidos em coleções biológicas. O pacote é acompanhado de uma proposta de fluxo de trabalho reproduzível para gerenciar esse tipo de dado em estudos de taxonomia, ecologia e conservação da biodiversidade. O pacote está implementado em R e foi projetado para lidar de maneira rápida com conjuntos de dados relativamente grandes. Inicialmente pensado para registros de espécies de plantas, vários recursos do plantR também podem ser aplicados a outros grupos de organismos, desde que a estrutura de dados seja semelhante. O fluxo de trabalho plantR inclui ferramentas para (a) baixar registros de diferentes repositórios de dados; (b) padronizar campos típicos associados aos registros; (c) validar localidades, coordenadas geográficas, nomenclatura taxonômica e identificações das espécies, incluindo a busca por duplicatas entre coleções; e (d) resumir e exportar os registros, incluindo a construção de listas de espécies com ‘vouchers’. Outros pacotes do R fornecem ferramentas para executar algumas etapas do fluxo de trabalho descrito acima. Mas, além dos novos recursos relacionados à edição e validação de dados, o maior diferencial do plantR é prover um fluxo de trabalho abrangente e amigável em um só ambiente, realizando tarefas desde a entrada até a exportatação dos dados. Assim, o plantR pode ajudar pesquisadores a avaliar a qualidade dos dados e evitar a perda de dados em diferentes tipos de estudos usando registros de espécies.
Type of Medium:
Online Resource
ISSN:
2041-210X
,
2041-210X
DOI:
10.1111/2041-210X.13779
Language:
English
Publisher:
Wiley
Publication Date:
2023
detail.hit.zdb_id:
2528492-7
Permalink