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  • 1
    Electronic Resource
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    Weinheim : Wiley-Blackwell
    Zeitschrift für die chemische Industrie 102 (1990), S. 1020-1055 
    ISSN: 0044-8249
    Keywords: Chemistry ; General Chemistry
    Source: Wiley InterScience Backfile Collection 1832-2000
    Topics: Chemistry and Pharmacology
    Notes: Während der letzten Jahrzehnte ist es möglich geworden, die Dynamik molekularer Systeme mit dem Computer zu simulieren. Bei Moleküldynamik(MD)-Simulationen löst man Newtons Bewegungsgleichungen für ein molekulares System, wobei die Trajektorien aller im System vorhandenen Atome erhalten werden. Aus diesen atomaren Trajektorien kann eine Vielzahl von Eigenschaften berechnet werden. Computersimulationen molekularer Systeme haben das Ziel, makroskopisches Verhalten aus mikroskopischen Wechselwirkungen zu errechnen. Die wesentlichen Beiträge, die eine mikroskopische Betrachtungsweise liefern kann, sind 1) das Verständnis, 2) die Interpretation experimenteller Ergebnisse, 3) halbquantitative Abschätzungen experimenteller Resultate und 4) die Fähigkeit, experimentelle Daten in Bereiche zu interpolieren oder zu extrapolieren, die im Labor nur schwer zugänglich sind. Eines der beiden grundlegenden Probleme auf dem Gebiet der Modellierung und Simulation molekularer Systeme besteht darin, den riesigen Konfigurationsraum, der von allen möglichen Molekülkonformationen aufgespannt wird, auf effiziente Weise nach jenen Bereichen global niedriger (freier) Enthalpie zu durchsuchen, die von einem molekularen System im thermischen Gleichgewieht besetzt sind. Das andere Grundproblem ist die Ableitung einer hinreichend exakten Energiefunktion oder eines Kraftfelds für Wechselwirkungen im zu untersuchenden molekularen System. Die Kunst der Computersimulation besteht auch darin, die unvermeidbaren Annahmen, Näherungen und Vereinfachungen für das molekulare Modell und den Rechenvorgang so zu treffen, daß ihre jeweiligen Beiträge zur Gesamtungenauigkeit von ähnlicher Größe sind, ohne dabei die interessierende Systemeigenschaft signifikant zu beeinflussen. Die Methodik und einige praktische Anwendungen der Computersimulation auf dem Gebiet der (Bio)chemie sind der Gegenstand dieser Übersicht.
    Additional Material: 17 Ill.
    Type of Medium: Electronic Resource
    Location Call Number Limitation Availability
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  • 2
    Electronic Resource
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    Weinheim : Wiley-Blackwell
    Angewandte Chemie International Edition in English 29 (1990), S. 992-1023 
    ISSN: 0570-0833
    Keywords: Molecular dynamics ; Computer chemistry ; Force field calculations ; Chemistry ; General Chemistry
    Source: Wiley InterScience Backfile Collection 1832-2000
    Topics: Chemistry and Pharmacology
    Notes: During recent decades it has become feasible to simulate the dynamics of molecular systems on a computer. The method of molecular dynamics (MD) solves Newton's equations of motion for a molecular system, which results in trajectories for all atoms in the system. From these atomic trajectories a variety of properties can be calculated. The aim of computer simulations of molecular systems is to compute macroscopic behavior from microscopic interactions. The main contributions a microscopic consideration can offer are (1) the understanding and (2) interpretation of experimental results, (3) semiquantitative estimates of experimental results, and (4) the capability to interpolate or extrapolate experimental data into regions that are only difficultly accessible in the laboratory. One of the two basic problems in the field of molecular modeling and simulation is how to efficiently search the vast configuration space which is spanned by all possible molecular conformations for the global low (free) energy regions which will be populated by a molecular system in thermal equilibrium. The other basic problem is the derivation of a sufficiently accurate interaction energy function or force field for the molecular system of interest. An important part of the art of computer simulation is to choose the unavoidable assumptions, approximations and simplifications of the molecular model and computational procedure such that their contributions to the overall inaccuracy are of comparable size, without affecting significantly the property of interest. Methodology and some practical applications of computer simulation in the field of (bio)chemistry will be reviewed.
    Additional Material: 17 Ill.
    Type of Medium: Electronic Resource
    Location Call Number Limitation Availability
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